微量高压反渗透系统其工作原理是运用特制的高压水泵，将原水加至6—20公斤压力，使原水在压力的作用下渗透过孔径只有0.0001微米的反渗透膜。化学离子和细菌、真菌、病毒体不能通过，随废水排出，只允许体积小于0.0001微米的水分子和溶剂通过。
保安过滤器内装有过滤孔径为5μm的滤芯。这些滤芯会过滤掉任何尺寸大于5μm的颗粒。对下游RO膜起到保护作用，否则RO膜表面极易结垢。较常用的渗透膜类别为聚酰胺膜，膜型式为卷式复合膜，该种型式的膜的除盐率可达99.5%。
由于RO膜易受水中PH值、余氯及水温的影响，故RO膜运行前对进水水质有严格要求：
PH 值：3~10
余氯值：<0.1mg/L
SDI15值：<5.0
水 温：<45 ℃
以上任一指标超出范围，均有可能使渗透膜产生变形，从而影响出水水质和缩短膜的使用寿命。并且膜的种类不同对进水水质要求也有所不同。在调试前可以根据RO膜厂家提供的说明进行确认。
故障排除：
微量高压反渗透系统的故障现象主要有三类：透水量减少、盐透过率增大以及压降增大，系统出现故障会导致脱盐率的下降和产品水量的降低，如果二者或其中之一缓慢地降低，则可能是污垢或水垢产生的常见现象，可以通过清洗来解决问题。
1、评估系统机械和化学问题：机械问题主要是O形圈的损坏、盐水密封的损坏、泵的损坏、管道和阀门的损坏、不精确的仪表等。化学问题一是酸添加的不适当，高剂量的酸会损坏膜或引起基于硫酸盐的结垢，低剂量会导致碳酸盐或基于金属氢氧化物的垢或污染；二是阻垢剂添加的不适当，高剂量可能导致污染，低剂量可能导致结垢。
2、核实仪表操作：包括压力表、流量计、pH计、电导率计、温度计等，必要时重新校正。
3、分析仪器进料水化学条件的变化：将现行的进料水分析和设计时的基准数据相比较，进料水化学条件的变化会产生增添预处理或更新原有预处理设备的需求。
4、重新检查操作数据：检验操作记录、通量及脱盐率的变化，考虑温度、压力、给水浓度、膜的年龄等对产量和脱盐率的影响。
5、选择合适的清洗方案：在清洗方案的选择中，应考虑以下因素：膜的类型和清洗剂选择的相容性，清洗设备的需求，系统的结构材料，污染物的鉴定等。
